2004年颁布实施的 《最高人民法院关于规范行政案件案由的通知》将行政合同作为行政行为的一种类型，并且首次规定，在起诉行政机关不作为的案件中，可以“诉XX（行政主体）不履行行政合同义务”。    2014年修订的《行政诉讼法》首次规定了行政机关不履行行政协议属于法院的受案范围，并且对行政机关不履行行政协议作出原则性的规定。2017年再次修订的《行政诉讼法》沿用了这两条规定。  《2015年行政诉讼法司法解释》共涉及六条，对行政协议的定义，诉讼时效、起诉期限，管辖，可以适用民事法律规范，继续履行、补救措施、赔偿，诉讼费用等内容做了进一步的规定。《2018年行政诉讼法司法解释》删除了行政协议的相关规定，为本次出台专门针对行政协议的司法解释做准备。

本次司法解释首先从宏观的角度阐明了行政协议的基本特征为“行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议”，同时又对行政协议进行了详细列举，包括：政府特许经营协议；土地、房屋等征收征用补偿协议；矿业权等国有自然资源使用权出让协议；政府投资的保障性住房的租赁、买卖等协议；符合司法解释规定的政府与社会资本合作协议，并且在具体列举行政协议时还做出了“其他行政协议”的兜底性表述，为今后可能出现的其他类型行政协议预留了空间。司法解释还明确了两类协议不属于行政协议，一是行政机关之间因公务协助等事由而订立的协议，二是行政机关与其工作人员订立的劳动人事协议。司法解释通过原则定性加列举加排除的方式对行政协议的范围进行了清晰地界定。

司法解释明确了因行政协议提起的诉讼属于行政诉讼，采取了行政法确定原告资格的原则，明确了与行政协议有利害关系的公民、法人或者其他组织均可以作为原告，不仅包括作为行政协议一方的公民、法人或者其他组织，也包括公平竞争人及合法权益因行政协议受到损害的其他公民、法人或者其他组织。由于行政协议并非平等主体签订的合同，行政机关可以依据其行政权力单方作出具有行政效力的变更、解除合同等决定，因此行政机关没有通过提起诉讼保护其权利的必要。故行政协议诉讼本质上还是遵循“民告官”的原则，原告只能是公民、法人或其他组织，行政机关只能作为被告，这充分体现了行政协议的“行政性”特点。

司法解释适用了民事诉讼法关于合同纠纷的管辖原则，当事人可以约定选择被告住所地、原告住所地、协议履行地、协议订立地、标的物所在地等与争议有实际联系地点的人民法院管辖，但不得违法级别管辖和专属管辖。该规定充分考虑了行政协议亦具有民事性的特点，突破了行政诉讼法关于被告所在地法院管辖的原则，充分保护了在行政协议中处于相对弱势一方的公民、法人和其他组织的利益。

由于行政协议兼具行政性和民事性的特点，因此行政协议案件的诉讼请求既包括了行政诉讼可提出的要求对行政机关作出的行政行为撤销、确认违法的请求，又包括了民事诉讼中可提出的要求履行合同、撤销、解除合同以及赔偿损失等请求。司法解释对原告可提出的诉讼请求进行了列举，包括：请求判决撤销行政机关变更、解除行政协议的行政行为，或者确认该行政行为违法；判决行政机关依法或者按照行政协议约定履行义务；判决确认行政协议的效力；判决行政机关依法或者按照约定订立行政协议；判决撤销、解除行政协议；判决行政机关赔偿或者补偿；其他有关行政协议的订立、履行、变更、终止等诉讼请求。

由于行政协议的签订、履行对于行政机关来讲属于履行法定职责的行政行为，因此对于行政机关应适用行政诉讼的举证责任分配原则，同时又因行政协议兼具民事性特点，亦应同时适用民事诉讼“谁主张、谁举证”举证原则。司法解释规定行政机关应对自己具有法定职权、履行法定程序、履行相应法定职责以及订立、履行、变更、解除行政协议等行为的合法性承担举证责任；原告主张撤销、解除行政协议的，适用民法“谁主张、谁举证”的原则，由原告承担举证责任；对行政协议是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证责任。

在认定合同效力问题上，司法解释同时适用行政法关于行政行为效力和民事合同效力的认定规定。当签订行政协议的行政机关具有行政法的行政行为无效情形，即不具有行政主体资格或者没有依据等重大违法情形时，或者行政合同具有民事法律规范规定的合同无效的情形时，均会认定合同无效。当协议存在胁迫、欺诈、重大误解、显失公平时，将判决撤销合同。对于行政协议需经过其他机关批准等程序后生效的行政协议，以一审法庭辩论终结前是否获得批准作为协议是否生效的认定标准，在一审辩论终结前获得批准的，应当认定协议生效，在一审辩论终结前未获得批准的，应当认定协议未生效。

由于行政协议具有行政管理或者公共服务的性质，因此行政协议的履行首先应当符合国家利益、社会公共利益。司法解释规定在行政协议履行过程中，当可能出现严重损害国家利益、社会公共利益的情形时，行政机关可以变更、解除协议，但应对给原告造成的损失予以补偿，由此兼顾了国家利益、社会公共利益与作为行政协议一方的公民、法人或者其他组织之间的利益平衡。

司法解释根据行政协议兼具民事性及行政性的特点，规定判决解除合同除需达到民事法律规范中规定的合同解除的条件，同时还应不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。如判决解除协议将损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益的，即使达到了约定或法定的解除情形，亦不能判决解除。

司法解释明确规定，行政机关未依法依约履行协议，作为公民、法人或者其他组织的一方可以要求行政机关按照合同约定的违约金条款和定金条款予以赔偿。据此，作为公民、法人或者其他组织的一方可以要求在签订协议时明确约定违约金及定金赔偿条款，当发生争议时可以减轻作为公民、法人或者其他组织的一方对于损失金额的举证责任。

行政机关与公民、法人或者其他组织签订行政协议，二者的地位并非完全平等，在合同的履行过程中，行政机关具有优益权，可依据其享有的行政管理权力，作出要求对方履行协议的书面决定及处理决定的行政行为。需要特别提示作为行政协议一方的公民、法人或者其他组织注意的是，如果在合同履行过程中，对行政机关作出要求履行协议的书面决定或处理决定存在异议的，一定要在行政复议期限内提起复议申请或在起诉期限内提起行政诉讼，否则该决定将发生法律效力，行政机关可直接依据该书面决定或处理决定向法院申请强制执行，司法解释已对此已予以明确。

《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》已于2020年1月1日期生效，该司法解释将对规范行政协议的签订、履行、纠纷解决等将起到重要作用，作为公民、法人或者其他组织的一方在签订协议时，可以根据司法解释的规定在谈判中尽量争取对己方有利的条款，在合同履行过程中发生争议时，亦应及时采取适当措施维护己方的合法权益。需要注意的是，以往很多行政协议都是按照民事审判程序和民事审判的思路进行审理，伴随着该行政协议司法解释的出台，越来越多的行政协议将适用该司法解释、按照行政审判程序进行审理。由于行政协议到底该如何审理，在司法实践中还是存在很多盲区，仍需结合该司法解释在实践中不断摸索。